O PPGCC possui atualmente 11 (onze) laboratórios temáticos, onde são realizadas as pesquisas dos alunos e projetos em parceria com empresas, e 1 (um) laboratório voltado exclusivamente para a realização de trabalhos acadêmicos relacionados às disciplinas (LABPos). A estrutura laboratorial é composta dos seguintes laboratórios:

Lab. de Avaliação de Desempenho de Sistemas Computacionais (LADESC)
Lab. de Matemática Computacional (LAMAC)
Lab. de Padrões e Qualidade em Engenharia de Software (LAPAQ)
Lab. de Sistemas Digitais (LASID)
Lab. de Computação Natural e Inteligência Artificial (LACONI)
Lab. de Redes de Comunicação e Segurança (LARCES)
Lab. de Otimização e Gestão Industrial (LOGIN)
Lab. Learning, Understanding, Reasoning and Acting (LAURA)
Lab. Engenharia de Software e Sistemas Distribuídos (GESAD)
Lab. de Desenvolvimento e Inovação (LDI)
Lab. Inteligent Networks and System  (InetSys)
Lab. dos Alunos da Pós (LABPos)

Todos os laboratórios têm áreas que variam de 12 a 30 m2. Os laboratórios temáticos são coordenados por um ou mais docentes e estão abertos para todos os estudantes/pesquisadores do PPGCC e de iniciação científica realizarem suas pesquisas, bem como para alunos de graduação que desenvolvem seus TCCs ou estágios, e para a execução de projetos com empresa. Estes laboratórios são mantidos com recursos de projetos de pesquisas do CNPq, FINEP, FUNCAP, RNP e projetos de Lei de Informática.

Destacamos o crescente número de projetos com grandes empresas de tecnologia, como Dell, HP e Huawei, nos últimos anos, advindos principalmente da Lei de Informática. Isso traz diversos benefícios, como: melhoria na infraestrutura dos laboratórios, do prédio do PPGCC e da própria universidade como um todo; aproximação das pesquisas realizadas nos laboratórios com as demandas do mercado; capacitação dos nossos alunos para obterem vagas no mercado; bolsas para estudantes realizarem seus estágios obrigatórios nos laboratórios.

Na presente data, encontra-se em finalização a construção do prédio Laboratório de Computação Científica Aplicada (NC2A) com previsão de entrega em 2025. O novo prédio está sendo financiado mediante parceria Edital FINEP CTINFRA-ABRUEM-2014 e verbas do Governo do Estado do Ceará, contemplando a construção do prédio com 1.800 m2 (mil e oitocentos metros quadrados) de área útil, mobiliário e equipamento de informática. Após a conclusão das obras, todos os laboratórios aqui listados usarão os espaços do NC2A.