O episcopado de Dom Joaquim Rufino Rego deu-se num período conturbado da História brasileira. É a partir dos "anos de chumbo" que é criada, instalada a Diocese de Quixadá e ocorre o bispado de Dom Joaquim Rufino do Rêgo. No cenário político sobressaíram os militares governando o Estado. Um fenômeno eminentemente recente, mas estava se tornando um hábito comum, militares assumirem a supremacia política nos países latino-americanos. No dia 30 de abril de 1971, o Papa Paulo VI o nomeia Dom Rufino como bispo da Diocese de Quixadá. Sua ordenação episcopal ocorre em julho e em agosto tomou posse da Diocese. Os primeiros anos do bispado do seu bispado foram de estruturação da Diocese.